Aresztowanie Alfonsa Mańki, odnotowano w kronice markowickiego klasztoru:
„4 maja 1940, około godziny 15.00, przyjechali na podwórze klasztorne obcy gestapowcy i Egan[1] przyszedł razem z nimi. Spisali wszystkich fratrów (kleryków i nowicjuszy) i w ciągu pół godziny zabrali ich na samochód i wywieźli do obozu koncentracyjnego w Szczeglinie (k. Mogilna)”.
W swoim ostatnim liście z Markowic do rodziny, Alfons zdążył jeszcze dopisać: „za pół godziny wyjeżdżamy samochodem do pracy, dokąd, nie wiem?” Bł. o. Józef Cebula, przed wysłaniem listu dopisał z boku: „Alfonsa już tu nie ma, pojechał do pracy, do Niemiec”.
Bezpośrednimi prześladowcami Alfonsa Mańki, działającymi in odium fidei, byli najpierw niemieccy oprawcy z obozu przejściowego w Szczeglinie k. Mogilna. Tutaj gestapowcy dokonywali wstępnej selekcji aresztowanych w regionie Inowrocławia. Maltretowaniem i biciem wywoływano wśród osadzonych szok i paniczny strach. Alfons Mańka zostaje skatowany do nieprzytomności i już nigdy nie odzyskuje pełni sił. Obóz w Szczeglinie funkcjonował od 1 października 1939 do 15 września 1940 r. kiedy przeniesiono go do Inowrocławia. Niemcy przetrzymywali w nim ok. 4600 Polaków. Wielu z nich poniosło śmierć na miejscu a większość wywieziono do obozów koncentracyjnych.
[1] W czerwcu 1940 r. von Egan został zaciągnięty do wojska. Zarządcą klasztoru został wtedy Niemiec Schulz a sołtysem kasjer majątkowy Hoffmann.